福建省医药行业协会经福建省民政厅批准，成立于2003年7月6日，是全省医药行业的行业管理协调组织，是以医药行业相关企事业单位、相关院校、科研机构、热心于医药业的专家及其他经济和社会组织自愿参加，对全省医药行业进行自律性管理与服务的非营利性社会团体。协会最根本的宗旨是为政府、为企业、为社会提供推动医药行业发展的服务和承担行业自律管理职能。协会业务：受政府部门授权或委托，实行行业协调管理；向政府部门提出制定产业政策、产品政策、行业标准、药品价格、医药卫生和医疗保障体制改革的建议；开展咨询服务、项目评估、成果鉴定、产品展示、信息发布；举办培训、业务讲座；推进品牌战略，组织名优产品评选、推介；组织举办展览会、展销会、博览会；进行行规行风和行业自律的监督检查，协调和组织行业公益事业。

       协会自成立以来，在省委、省政府的正确领导下，在省直各有关部门大力支持、指导下，协会坚持多办实事，讲求实效，找准切入点，热情为会员单位服务。注重调查研究，引导会员单位正确执行国家法律、法规和医药政策，向政府部门反映医药企业的呼声和要求，提出对医疗卫生体制改革的建议、意见。受到政府有关部门及会员单位的好评，在医药界产生了良好影响。

       近年来，在“药品招投标”、“药品定价”、“医保目录”、“医药产业发展”等关系到国家民族医药及医药企业生存和发展的重大问题上，做了许多富有成效的工作。协会还参与制定福建省医药产业发展规划。较好地发挥了协会的参谋助手和桥梁纽带作用。

       2013年7月，2017年12月，2023年10月，协会连续三次被福建省民政厅评为“5A”级社会组织荣誉称号。